<html>
<head>
<meta http-equiv="Content-Type" content="text/html; charset=utf-8">
<style type="text/css" style="display:none;"> P {margin-top:0;margin-bottom:0;} </style>
</head>
<body dir="ltr">
<div style="font-family: Calibri, Arial, Helvetica, sans-serif; font-size: 12pt; color: rgb(0, 0, 0);">
<font size="2">Glen writes:</font></div>
<div style="font-family: Calibri, Arial, Helvetica, sans-serif; font-size: 12pt; color: rgb(0, 0, 0);">
<font size="2"><br>
</font></div>
<div style="font-family: Calibri, Arial, Helvetica, sans-serif; font-size: 12pt; color: rgb(0, 0, 0);">
< <font size="2"><span style="font-size:11pt">I can see that the diversity seems to peak as the infections ramp up in the US and EU. And there's only a handful of spots where the diversity shoots up, only to level off later.</span></font> ></div>
<div style="font-family: Calibri, Arial, Helvetica, sans-serif; font-size: 12pt; color: rgb(0, 0, 0);">
<br>
</div>
<div style="font-family: Calibri, Arial, Helvetica, sans-serif; font-size: 12pt; color: rgb(0, 0, 0);">
Well, the color-coded phylogeny is looking at a tiny sampling of the infected world.  I wouldn't draw any conclusion from that other than that viral drift is possible.   It hasn't even been tabulated systematically against any phenotype besides where the sample
 was collected.   Looking at the GenBank data, there are even variants within the same patient.  
<br>
</div>
<div style="font-family: Calibri, Arial, Helvetica, sans-serif; font-size: 12pt; color: rgb(0, 0, 0);">
<br>
</div>
<div style="font-family: Calibri, Arial, Helvetica, sans-serif; font-size: 12pt; color: rgb(0, 0, 0);">
Hopefully there will be engagement on compilation of anonymized clinical data outside of academia (esp. from hospitals and the major diagnostic labs).  Then we can stop talking about what we "expect" and look at what actually happens!<span id="šŸ™‚"></span>
<br>
</div>
<div style="font-family: Calibri, Arial, Helvetica, sans-serif; font-size: 12pt; color: rgb(0, 0, 0);">
<span id="šŸ™‚"><br>
</span></div>
<div style="font-family: Calibri, Arial, Helvetica, sans-serif; font-size: 12pt; color: rgb(0, 0, 0);">
<span id="šŸ™‚"><span id="šŸ™‚"><span id="šŸ™‚"></span></span></span>This morning I was told of this: 
<a href="https://covid19researchdatabase.org/" id="LPlnk195834">https://covid19researchdatabase.org/</a><br>
</div>
<div style="font-family: Calibri, Arial, Helvetica, sans-serif; font-size: 12pt; color: rgb(0, 0, 0);">
<br>
</div>
<div style="font-family: Calibri, Arial, Helvetica, sans-serif; font-size: 12pt; color: rgb(0, 0, 0);">
Marcus<br>
</div>
<div id="appendonsend"></div>
<hr style="display:inline-block;width:98%" tabindex="-1">
<div id="divRplyFwdMsg" dir="ltr"><font face="Calibri, sans-serif" style="font-size:11pt" color="#000000"><b>From:</b> Friam <friam-bounces@redfish.com> on behalf of uĒlʃ ā˜£ <gepropella@gmail.com><br>
<b>Sent:</b> Tuesday, April 21, 2020 9:36 AM<br>
<b>To:</b> FriAM <friam@redfish.com><br>
<b>Subject:</b> Re: [FRIAM] whackadoodles go mainstream!</font>
<div> </div>
</div>
<div class="BodyFragment"><font size="2"><span style="font-size:11pt;">
<div class="PlainText">Well, from the animation Marcus posted, even I can see that the diversity seems to peak as the infections ramp up in the US and EU. And there's only a handful of spots where the diversity shoots up, only to level off later.<br>
<br>
The Gorman article was very helpful. I suppose to really grok the inter-species vs. intra-species patterns enough to build an expectation, you'd have to work at a bat lab. By selecting h3n2 in the left panel, it seems the flu maintains a higher diversity across
 the board. So my 1st attempt at an expectation would be that a) jumping species, b) jumping species from a tolerant host like a bat, and c) the novelty of the strain should lead to a kind of pressure to get a better foothold in the hosts. Then as the host
 and parasite relax into one another, any obvious pressure would fade and it would look more random.<br>
<br>
Regardless of the design question, it seems like a virus that is *likely* to jump species in the first place would see less pressure to fit in immediately and would more quickly begin looking random.<br>
<br>
Anyway, thanks for your tolerance.<br>
<br>
On 4/20/20 5:15 PM, David Eric Smith wrote:<br>
> Not my area of expertise, though for about the past year I have spent some time learning about proteins, so I am not as completely lost as I would have been before that.<br>
> <br>
> The number of mechanisms that jointly get termed ā€œevolutionā€ in a complicated, mosaic, multi-host virus like this makes inference a many-dimensional problem.<br>
> <br>
> Putting aside Marcusā€™s information on HLA variability, because I have not yet made the time to read it (though I hope to), just looking at the viral spike protein genes in the Nature letter to the editor, there seem to be at least two qualitatively different
 things going on.  The six mutated positions in the receptor binding domain are interpreted by the letterā€™s authors as plausible convergent mutations.  Since a lot of protein evolution seems to get locked in by structural or self-assembly constraints at many
 places, the number of labile positions on shorter timescales is some smaller number than the 20^211 that Marcus notes as an upper bound for brute force search (but again that is in the context of leukocytes, whereas these six mutations involve binding affinity
 to ACE2).  But when we see two solutions that seem to be in completely different basins of attraction in humans, as SARS-CoV and SARS-CoV-2 appear to be, there looks to be a big valley of non-viability between<br>
> them, with very low probability to have all mutations occur conjointly to cross it.  I think people believe that between bats, cats et al., and now I guess pangolins (and I think I saw something about snakes from one letter that went around from an early
 researcher), there is an enormous reservoir of different strains, with a quite large diversity of ACE-type host proteins.  So we would be looking for island-hopping routes that make the SARS-COV and SARS-CoV-2 solutions mutually intelligible.  So the analysis
 of protein change mechanisms gets put into a larger context of ecological analysis of species contacts, which is probably as badly under-sampled as the viral diversity is.<br>
> <br>
> The foregoing is independent of this ā€œfurin cleavage siteā€, and some special proline in a turn that facilitates attachment of surface amino-sugar chains.  This article suggests that such features are under selection from either or both of infectivity based
 on how the proteins are translated, and immunosurveillance.  Both of those will involve translational and immune proteins that vary significantly from one host to another.  (I assume this is where HLA variability becomes central to this story.). There was
 an article in NYT a week or two ago by James Gorman on why bats seem to be a reservoir for ā€œso many virusesā€<br>
> <a href="https://www.nytimes.com/2020/01/28/science/bats-coronavirus-Wuhan.html">
https://www.nytimes.com/2020/01/28/science/bats-coronavirus-Wuhan.html</a><br>
> (I donā€™t actually know whether they carry uncommonly more, per bat species, than other groups do per-species, since we often donā€™t know about things until they interest us enough to do a thorough survey, but if Gorman is writing with knowledge, that claim
 might be okay.). Certainly, there are an awfully large number of bats species, considering that they are just one little branch of insectivores.  If there is something different about bat immune systems, which pairs in an important way with the genome evolutionary
 position of coronaviruses, that would seem to be the first place to look for immune selection, as context for later asking about what is different in people.  The interesting thing is that these cleavage sites have not been found in other beta-lineage coronaviruses.
  (He doesnā€™t say where they have been found, though that shouldnā€™t be a hard dig to get to.). The suggestion is that the CoV-2 strain is a mosaic that is mostly beta-coronavirus with something else.<br>
>  The question is then, what else looks closest, where do the two occur together; what are the mechanisms for combining them.  Now we are in an epidemiology/ecology question.  <br>
> <br>
> Inferring a chain of origin with all these factors in play looks challenging to me.  <br>
> <br>
> Eric<br>
> <br>
> <br>
>> On Apr 21, 2020, at 8:35 AM, uĒlʃ ā˜£ <gepropella@gmail.com <<a href="mailto:gepropella@gmail.com">mailto:gepropella@gmail.com</a>>> wrote:<br>
>><br>
>> What *would* you people who can read all this stuff *expect* to happen?<br>
<br>
<br>
-- <br>
ā˜£ uĒlʃ<br>
.-. .- -. -.. --- -- -..-. -.. --- - ... -..-. .- -. -.. -..-. -.. .- ... .... . ...<br>
FRIAM Applied Complexity Group listserv<br>
Zoom Fridays 9:30a-12p Mtn GMT-6  bit.ly/virtualfriam<br>
unsubscribe <a href="http://redfish.com/mailman/listinfo/friam_redfish.com">http://redfish.com/mailman/listinfo/friam_redfish.com</a><br>
archives: <a href="http://friam.471366.n2.nabble.com/">http://friam.471366.n2.nabble.com/</a><br>
FRIAM-COMIC <a href="http://friam-comic.blogspot.com/">http://friam-comic.blogspot.com/</a>
<br>
</div>
</span></font></div>
</body>
</html>